Após Kratos (o herói espartano da primeira saga) se tornar o novo deus da guerra ,ele passa a ajudar os soldados de esparta, liderando-os sobre varias batalhas e destruindo varias cidades dos outros deuses , antes de ele descer do Olimpo para ajudar seus guerreiros espartanos a destruir a cidade de Rodes, ele e avisado por Atena sobre as consequencias de seus atos, sem escuta-lá, ele salta do Olimpo para Rodes, ao chegar, Zeus, transformado em uma aguia e sem escolhas, retira pouco do poder de Kratos e o deposita em uma estátua gigante (o Colosso de Rodes). Kratos, com muita raiva e acreditando ser Atena a responsável, vai em busca de derrotar o Colosso para provar para os Deuses do Olimpo que ele merece ser um deus. Nisso, Zeus, num aperente gesto de generosidade, oferece a Kratos uma incrível arma usada na guerra contra os titãs, a Blade Of Olimpus (a Espada do Olimpo). Somente com ela Kratos conseguiria derrotar o Colosso.
Depois recuperar a espada, ele sacrifica os restos de seus poderes divinos na arma e lança um raio no peito do Colosso, ele entra pelo buraco e destroi o Colosso por dentro, esse ao ser derrotado pelo Espartano, a mão do Colosso cai em cima de Kratos, quebrando sua armadura de Deus. Então, Kratos muito fraco e percebendo que, ao depositar o que restava de seus poderes divinos na arma sagrada havia exagerado de sua divindade, é surpreendido por Zeus, que revela que foi ele quem retirou os poderes de Kratos e depositou os poderes do guerreiro ao Colosso e o mata com a Blade of Olimpus dizendo que o ciclo terminaria ali. Então após Zeus ir embora com a Blade of Olimpus, mãos infernais do exército de Hades levam o corpo de Kratos para as profundezas do inferno. Então Kratos ainda "meio morto" começa a ter alucinações, de várias pessoas dizendo para ele resistir. É Gaia, a mãe da terra, que fala para Kratos se vingar dos deuses por eles terem traído ele, encontrando as 3 Sisters of Fate (Irmãs do Destino) e revertendo o passado.
Nisso, Gaia cura Kratos, que sobe de volta para onde Zeus o matara, e pronto para seguir, com o apoio dos Titans, o caminho de seu destino "a bordo" do Pégasus, o cavalo alado. Kratos monta no Pégasus e voa em direção ao templo das Sisters of Fate. Na metade do caminho, Kratos é derrubado por um inimigo que voava em um grifo. Então Kratos recupera o equilíbrio e voa para dentro de uma caverna, a caverna de Tifão, Titã dos Ventos. Em uma das mãos de Tifão, estava acorrentado Prometeu, imortal destinado a ser consumido todos os dias por um pássaro por ter roubado o fogo do Olimpo e dado aos mortais.
Prometeu pede para que Kratos mate ele na fogueira que estava ali em baixo, mas ao tentar arrebentar as correntes, Prometeu fica pendurado pelo pescoço sobre o fogo do Olimpo. Kratos vai em busca do Titã Tifão que diz não querer ajudar Kratos, mas mesmo assim Kratos pula no olho de Tifão e arranca um arco mágico, The Tiphon's Bane. Então ele usa o arco para arrebentar a corrente que segurava Prometeu, que cai no fogo do Olimpo e finalmente morre. As cinzas de Prometeu dão a Kratos um novo poder, The Rage of the Titans (A Raiva dos Titãs). Kratos pega seu pégasus e voa novamente em direção ao templo das irmãs do destino.
Mas não só Kratos desejava ver as irmãs. Antes do espartano chegar ao Templo dos Destinos,ele pousa na Ilha da Criação, e lá,o Espartano encontra Teseu,o guardião dos Steeds of Time(Corcéis do Tempo) que diz para Kratos deixar Zeus em paz, mas Kratos opta por mata-lo.Após algum tempo, chega no Templo de Euríale, ele encontra Perseu, Jasão, o líder dos argonautas que tinha o tosão dourado, sendo atacado por um Cérbero, um aliado de Jasão diz que o Velo de Ouro e a chave para o Templo de Euriále, então Kratos mata o Cérbero e retira o Velo de Ouro de dentro do estomago da criatura.Também, em sua jornada, Kratos encontra Perseu, que acha que a presença de Kratos é um teste e o ataca, mas acaba morto. Também Ícaro, que na tentativa de deter Kratos se joga com ele em direção ao Submundo. Porém o que ocorre é que Ícaro acaba perdendo suas asas para Kratos, que estabiliza-se a ponto de evitar o inferno mas não um reencontro com Atlas, a quem aprisionara no tormento de carregar o mundo em suas costas. Porém agora Kratos estava com Gaia e os Titãs, e Atlas logo se lembra da poderosa arma (Blade of Olimpus) que Zeus usou para vence-los, por isso "emerge" Kratos de volta à superfície e o ajuda cedendo-lhe a magia "Atlas Quake", uma magia mortal capaz de causar terremotos devastadores, matando facilmente seus inimigos. Depois de progredir um pouco em sua jornada, alcançando o "The Palace of The Fates" (Palácio dos Destinos, onde residem as Irmãs do Destino), Kratos descobre que Esparta fora arrasada por Zeus e por isso perde as esperanças, acreditando que jamais venceria Zeus. Porém, motivado por Gaia,matando o kraken, segue seu caminho e enfim encontra as irmãs do tempo, uma a uma. Primeiramente, surge de seu trono Lahkesis, arrogante, garante que Kratos não conseguirá alterar seu destino. Após um primeiro confronto, surge Atropos, a segunda irmã, que ajudou Kratos a derrotar Ares. Atropos é facilmente derrotada, o mesmo ocorre com Lahkesis.
Depois de acabar com as duas primeiras irmãs, Kratos se depara com a terceira: Um monstro disforme com muitos seios e braços mortais. Dela, o espartano ganha um aviso: se ele persistisse com suas ações, destruiria todo o existente. Kratos não dá ouvidos a Clotho (nome da terceira irmã) e acaba por elimina-la também. Ao acabar com as três irmãs do destino, Kratos passa a ter poder sobre este, possibilitando que ele volte ao exato momento em que Zeus o matava para tomar-lhe a espada (Blade of Olimpus) e iniciar um confronto mortal: o deus dos deuses fora desafiado. Após muito lutar, Zeus lança uma tempestade de raios sobre Kratos, que finge entregar-se, mas aproveitando-se de um descuido da divindade, contra golpeia brutalmente usando o tosão dourado e prepara-se para desferir o golpe final com a sagrada espada.
Nesse momento surge Atena, que para proteger seu pai lança-se entre ele e Kratos, que não pôde desviar a tempo e empala Atena com a espada e assim mata mais uma divindade. Zeus, enfraquecido, foge e volta para o Olímpo, para organizar os outros deuses para a guerra contra Kratos. Antes de morrer, Atena explica que fez aquilo pois se Zeus caísse, também todo o Olimpo cairia e seria este o fim dos deuses. Também disse que o pai que Kratos nunca conhecera era Zeus e que este temia que, assim como fizera com Cronos, Kratos tomasse seu lugar no Monte Olimpo. Sua ultima frase é: "Deus após deus irá negar sua vingança, Kratos. Eles irão proteger Zeus. Zeus deve viver, para que o Olímpo também viva." E morre.
Kratos então diz: "Se todos no Olimpo negarem a minha vingança, então todos no Olimpo irão cair! Eu tenho vivido na sombra dos Deuses por muito tempo, e a era deles está para acabar!". Furioso por ter matado a única divindade pela qual nutria algum carinho e em posse da arma mais poderosa do universo (Blade of Olimpus),Kratos conversa com Gaia dizendo a ela que Zeus está fraco, Ares eAtena estão mortos e que ele possui a espada (Blade of Olympus), e diz que eles podem ganhar está guerra mais não neste tempo, levando Gaia e todos Titãs para o futuro.
Kratos parte com os titans rumo ao Olimpo para pôr fim a era dos deuses. Enquanto isso Zeus depois de ter fugido da luta com Kratos, vai para o Monte Olimpo e chama alguns deuses(Poseidon, Hades, Hélios e Hermes)para uma reunião, dizendo que eles tem que esquecer suas brigas e diferenças e lutar contra essa besta (Kratos) fazendo o Olímpo prevalecer.
No momento da reunião o Monte Olímpo começa a tremer, os deuses vão correndo para ver o que é, e quando olham vêm os Titãs subindo o Monte Olímpo, liderados por Kratos que estava em cima da Gaia segurando a Blade of Olympus e diz "Zeus, seu filho retornou! E trago comigo a destruição do Olimpo!"...
Depois a frase "The End Begins..." (O Fim Começa...) aparece na tela e o jogo acaba. God of War IIItraz este fim como o início do jogo, fazendo uma continuação direta.
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